Umělá inteligence a strojové učení pomáhají zkoumat mikrobiom

Zajímá vás, jak moderní přístupy umělé inteligence mohou analytikům pomoci lépe porozumět mikrobiomu, tedy komplexnímu ekosystému mikroorganismů v našem těle?    

Mikrobiom hraje klíčovou roli ve zdraví a nemoci.
Při jeho analýze moderními sekvenačními metodami však získáme ke každému jednomu vzorku informaci o cca 25 milionech nukleotidů bakterií, které se ve vzorku nachází. Potřebujeme tak nástroje, které nám pomohou získat z těchto dat smysluplné informace. A právě zde se do hry zapojuje strojové učení, nebo-li machine learning. 

Strojové učení je technika, při níž se počítače učí z dat a zlepšují své schopnosti, aby dělaly úkoly lépe a rychleji.
V případě mikrobiomových dat se tyto technologie stávají neocenitelnými. Díky strojovému učení dokáže totiž umělá inteligence identifikovat vzory v řetězcích osekvenovaných nukleotidů, čímž nám umožňuje například hledat chyby, které při sekvenaci nenáhodně vznikly a zpřesňovat tak výsledek. Nebo nám pomáhají rychleji a přesněji hledat příbuzné bakterie. 

CTA Otestujte svůj střevní mikrobiom s Genetify

Umělá inteligence není jenom o sci-fi filmech, ale má reálný a pozitivní dopad na náš každodenní život a zdraví!  

Mgr. Iva Kotásková, Ph.D.
Iva vystudovala obor Mikrobiologie a biotechnologie na PřF Masarykovy univerzity, dizertační práci v oboru Lékařská mikrobiologie a imunologie pak obhájila na Lékařské fakultě MU. Při svém studiu působila jako analytik genetické laboratoře, ale také jako výzkumník CEITEC MU a LF MU. Následně pracovala jako výzkumným pracovník Laboratoří analýzy Mikrobiomu RECETOX MU. Nyní působí jako Seniorní vědecký specialista ve společnosti BioVendor MDx, pod které spadá také projekt Genetify a zde odborně zaštiťovala budování sekvenačního servisu se zaměřením na mikrobiom. Iva byla členem řešitelských týmů několika grantových žádostí, a je autorem článků publikovaných v odborných časopisech. Získala zkušenosti během dlouhodobého studijního pobytu na Waseda University v Tokiu, ale také během krátkodobých pobytů v Kodani, či Cambridge. V průběhu celého studia se věnovala možnostem molekulární detekce bakterií v polymikrobiálních vzorcích. Od tohoto tématu byl už jen krůček k analýze vysoce komplexních mikrobiálních společenstev.